Das Anwesen erscheint erstmals in den Besitzaufzeichnungen des Vyšehrader Propsteiamtes aus dem Jahr 1273. Bereits zu dieser Zeit befand sich hier eine Festung, die den Untertanen im Falle militärischer Gefahren Schutz bieten sollte. Im Jahr 1420 wurde die Festung von den Hussiten erobert, die unter der Führung von Jan Žižka von Trocnov zur Unterstützung Prags im Kampf gegen Sigismund durch dieses Gebiet zogen. Anschließend gelangte das Gut in den Besitz der Altstädter Gemeinde. Im darauffolgenden Zeitraum des 16. Jahrhunderts wechselten die Eigentümer häufig, wodurch sich niemand angemessen um die Festung kümmerte. Um das Jahr 1620 wurde sie daher als verlassen und verwahrlost bezeichnet.
Dies änderte sich, als die Festung im Jahr 1627 in den Besitz des Ordens der unbeschuhten Karmeliten gelangte. Zuvor gehörte die Liegenschaft zum Vermögen der St.-Gallus-Kirche in der Prager Altstadt. Die religiösen Unruhen jener Zeit sowie die Auseinandersetzungen zwischen Protestanten und Katholiken beeinflussten auch das Schicksal des Gutshofes in Krč. Kaiser Ferdinand II. schenkte daher mit einer in Wien am 27. April 1627 ausgestellten Urkunde die Kirche und die Siedlung St. Havel samt sämtlichem Zubehör dem Orden der unbeschuhten Karmeliten. Die Festung und die dazugehörige Siedlung erhielten die Karmeliten, damit sie aus den Erträgen dieses Besitzes beim St.-Gallus-Kirche ein Kloster errichten konnten. Zunächst brachte der Gutshof offenbar nur geringe Einnahmen, weshalb dem Orden für die Dauer von zehn Jahren erlaubt wurde, Almosen zu sammeln. Später verbesserten sich die finanziellen Verhältnisse der Karmeliten erheblich. Sie renovierten ihren Besitz in Krč und errichteten in der reizvollen natürlichen Umgebung ihren Sommersitz. Zu diesem gehörte auch eine Kapelle, die aus naheliegenden Gründen dem heiligen Gallus geweiht wurde. Die dort abgehaltenen Gottesdienste standen auch den Bewohnern der Umgebung offen.
Im Zuge der sogenannten josephinischen Reformen unter Kaiser Joseph II. wurde das Kloster der unbeschuhten Karmeliten im Jahr 1786 aufgehoben. Gemäß der damals geltenden Gesetzgebung fiel das Schlösschen an den Religionsfonds. Im Jahr 1795 erwarb Johann Gever von Ehrenberg das Anwesen. Neben dem Hauptgebäude entstanden nach und nach weitere Wirtschaftsgebäude wie Stallungen, Viehställe und Scheunen. Zum Gut gehörten zudem die Mühle Nr. 38, ein Bach sowie ein Teich. Für die gesamte Anlage einschließlich der dazugehörigen Grundstücke blieb die Bezeichnung „St. Havel“ als Erinnerung an den früheren Besitz der Karmeliten weiterhin erhalten. In den Jahren 1840 bis 1880 gehörte das Gut dem Prager Rechtsanwalt Baron Schlosser. Er ließ das Hauptgebäude in die heutige Schlossform umbauen. Der obere rechte Flügel wurde angebaut und ein Festsaal eingerichtet. Das Schloss erhielt wertvolle neugotische Fassaden. Auch der im englischen Stil angelegte Schlosspark wurde erheblich erweitert. Ein weiterer Eigentümer war der bedeutende Prager Unternehmer Tomáš Welz, der sich in besonderem Maße um die Entwicklung von Krč verdient machte. Am 24. Juli 1880 ging das Gut in seinen Besitz über.
Seit dem Jahr 1900 zeigen historische Fotografien das renovierte Schloss einschließlich der gärtnerisch gestalteten Schlossterrassen. Im Schlosshof befand sich ein großer Brunnen mit einer Skulpturengruppe aus zwei Engelchen, die gemeinsam einen geöffneten Regenschirm hielten. Besonders verdienstvoll war die Haltung der Eigentümerfamilie Welz, die sämtliche Angebote zur Parzellierung des Schlossparks und weiterer zum Schloss gehörender Grundstücke für eine mögliche Bebauung ablehnte. Nach einer umfassenden und gelungenen Renovierung erwachte das Schloss nach Jahren des Stillstands zu neuem Leben – als Schlosshotel. Das Schloss bildet heute gemeinsam mit dem Teich und dem Park, die bequem mit öffentlichen Verkehrsmitteln erreichbar sind und nur etwa zwanzig Minuten vom Herzen der Metropole entfernt liegen, eine angenehme Alternative zum geschäftigen Stadtzentrum.